Эффективным средством повышения быстродействия жестких дисков является упорядочение хранимых на этих устройствах файлов программ и данных. Действительно, в процессе работы компьютера часто производится запись, стирание и изменение длины файлов. Многократное выполнение данных действий приводит к тому, что значительное количество файлов превращается в разорванные цепочки, части которых, или иначе фрагменты, произвольно разбросаны по рабочему пространству жесткого диска. Процесс такой фрагментации файлов связан с тем, что файлы пишутся на жесткий диск с учетом свободного пространства, появившегося на нем в процессе стирания других файлов. Кроме этого, непрерывность файлов часто нарушается при увеличении их размеров в процессе изменения. При поиске и считывании таких разрозненных цепочек файлов, распределенных по диску — фрагментированных файлов, головка жесткого диска неоднократно механически перемешается и позиционируется. На это, конечно, требуется значительно больше времени, чем на поиск и считывание непрерывного файла, когда пространственное изменение положения головки минимизировано. 

Увеличить скорость считывания фрагментированных файлов можно после предварительной дефрагментации диска. Эту операцию целесообразно периодически проводить с помощью использования специальных программных средств. Например, с помощью файлов defrag.exe из пакета MS-DOS 6.xx или speedisk.exe из Norton Utilities. В системах Windows 9x имеются специальные программы для выполнения данной операции — Дефрагментация диска (Defrag). Необходимо отметить, что перед дефрагментацией целесообразно выполнить проверку диска программой Проверка диска (ScanDisk). 

Запуск программы Дефрагментация диска (Defrag) в системе Windows 95/98 иллюстрирует последовательность рисунков (рис. 2.7—2.10), представляющих фрагменты изображений на экране монитора компьютера. 

Необходимо отметить, что проблема снижения производительности за счет фрагментации файлов, расположенных на жестких дисках, характерна не только для операционных систем Windows 9x, но и для более совершенных Windows NT 4.0, Windows 2000 и Windows XP. Существует распространенное мнение, что файловая система NTFS, которая поддерживается данными операционными системами, устроена таким образом, что файлы практически не фрагментируются. Вопреки этому мнению, фрагментация файлов существует и для NTFS, хотя эта проблема не стоит так остро по сравнению с файловыми системами FAT16 и FAT32.